El actual edificio del Colegio Mayor San Isidoro, situado en la calle Jesús Rubio, fue inaugurado en 1974. Desde aquel momento, el centro ha vivido una constante actualización de sus dependencias para ofrecer el mejor servicio a la comunidad universitaria.

En el año 2001, el colegio marcó un hito en su identidad al convertirse en centro mixto, reforzando su compromiso con la igualdad y la convivencia integradora dentro de la Universidad de León.